Tale magistratura fu istituita, con la denominazione di Uffizio dei Fossi e delle Coltivazioni nel 1592 da Ferdinando dei Medici per "vigilare sulle coltivazioni, sui lavori e sull'ordine e pulizia delle strade e luoghi abitati".
Mentre con la dinastia medicea questo Ufficio venne sempre mantenuto sotto il controllo del Magistrato dei Quattro conservatori di Siena, dopo l'istituzione della Provincia inferiore Senese, assunse una completa autonomia nella gestione delle proprie competenze che, all'inizio, erano di natura tecnica e politico-amministrativa e poi, con il regolamento del 21 dicembre 1767, anche di natura giudiziaria. Con editto dell'11 aprile 1778 tali compiti furono affidati al Commissario della Provincia inferiore Senese.
L'ufficio, soppresso durante il periodo napoleonico (1808-1815), venne definitivamente abolito con l'istituzione, nel 1824, della Camera di Soprintendenza Comunitativa.
Il fondo archivistico di questo organismo, deputato prevalentemente alla bonifica idraulica ed al risanamento territoriale, conserva un ricco e prezioso nucleo cartografico, per la consultazione del quale si rimanda allo specifico inventario analitico. Di particolare interesse sono le opere di Leonardo Ximenes, ed i disegni e le mappe redatti dagli ingegneri dell'Ufficio dei Fossi nel primo ventennio dell'800.
